清华分子动力学模拟入门课件.ppt

侵权判定及规避[文字可编辑]课件.ppt

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1、多体系统,分子动力学,Multi-body System,Molecular Dynamics,引,言,?,物质基本构成,分子、原子,?,在分子、原子这个微观水平上来考察物质：多体,世界,?,查清楚微观世界，宏观就清楚了,?,从微观考虑问题的现实可行性,?,从微观考虑问题的必要性,?,物性的观测性参数：热传导、温度、压力、粘,性、,. ,?,微观处理的前提,?,已知微观粒子间的相互作用,?,假设,?,分子为球，惰性，分子间的作用只取决于分子间,的距离,?,分子动力学,(Molecular Dynamics,，,MD),MD,的应用,?,领域：物理、化学、生物、材料等,?,MD,方法能实时将分子。

清洗消毒及灭菌效果监测标准32张幻灯片.ppt

医院消毒供应中心第三部分:清洗消毒及灭菌效果监测标准,北京协和医院 消毒供应中心 张 青,一范围,本标准规定了医院消毒供应中心清洗消毒与灭菌效果监测的要求方法和质量控制过程的记录以及可追溯等方面的要求。本标准适用于医院CSSD和为医院提供消,

2、的动态行为显示到计算机屏,幕上,便于直观了解体系在一定条件下的演变过程,?,MD,含温度与时间,因此,还,可得到如材料的玻璃化转,变温度、热容、晶体结晶过程、输送过程、膨胀过,程、动态弛豫,(relax),以及体系在外场作用下的变化,过程等,?,水和离子在微小硅孔中的运动,?,聚乙烯的结晶,MD,的基本原理,?,用牛顿经典力学计算许多分子在相空间中的,轨迹,?,求解系统中的分子或原子间作用势能和系统外加,约束共同作用的分子或原子的牛顿方程。,?,模拟系统随时间推进的微观过程。,?,通过统计方法得到系统的平衡参数或输运性质,?,计算程序较为复杂，占用较多内存,MD,的主要步骤,?,选取要研究的系。

3、统及其边界，选取系统内粒,子间的作用势能模型,?,设定系统中粒子的初始位置和初始动量,?,建立模拟算法，计算粒子间作用力及各粒子,的速度和位置,?,当体系达到平衡后，依据相关的统计公式，,获得各宏观参数和输运性质,分子间势能及相互作用,?,N,个粒子系统的总势能,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,N,j,i,ij,N,N,N,N,r,V,r,V,r,V,r,V,r,V,r,V,r,V,V,1,1,-,2,23,1,13,12,),(,),(,),(,),(,),(,),(,),(,?,?,?,d,V,r,V,r,刚球模型,(,),0,r,d,V,r,r,d,?,?,?,?。

4、,?,?,?,(,),(,),d,V,r,r,?,?,斥力力心点模型,d,r,V,-,?,(,),(,),r,d,V,r,d,r,d,r,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,Southerland,模型,分子间势能及相互作用,?,Lennard-Jones,势能,能量尺度；,长度尺度,为方便，时常归一化：,记,；,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,6,12,4,),(,r,r,r,V,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,6,12,/,1,/,1,4,),(,。

5、?,?,?,r,r,r,V,V,V,?,?,/,r,r,?,?,/,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,6,12,1,1,4,),(,r,r,r,V,V(r),F(r),排斥力,V,(,r,),F,(,r,),r,吸引力,分子间势能及相互作用,?,一些气体的参数,k,B,=1.38×10,?,23,(J/K): Boltzmann,常数,Neon,Argon,Krypon,Xenon,Nitrogen,?,(nm),0.275,0.3405,0.360,0.410,0.370,?,/k,B,(K),36,119.8,171,221,95,分子。

6、间势能及相互作用,?,相互作用,?,标量形式：,?,直角坐标：,至此，各粒子间相互作用已知，可进行模拟了,),(,r,V,r,m,f,?,?,?,?,(,),(,),y,x,f,f,V,r,x,V,r,y,m,r,r,m,r,r,?,?,?,?,?,?,?,?,),(,r,V,m,F,?,?,?,模拟的数学方法,?,Euler,法和,Euler-Cromer,方法？,?,不能用：不能保持总能量守恒,?,Verlet,算法：速度形式,?,?,1,2,1,2,1,2,1,2,1,1,1,2,1,2,1,1,2,n,n,n,n,n,n,n,n,n,n,n,n,n,n,x,x,v,t,a,t,v,v,a,a,t,v,v,a,t,v,v,a,t,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,?,模拟的数学方法,?,Leap-frog,算法：,x,的截断误差为,，,v,的截断误差,1/2,1/2,1,1/2,1/2,2,n,n,n,n,n,n,t,n,n,n,v,v,ta,x,x,tv,v,v,a,?,?,?,?,?,?。